酵母双杂交系统是将待研究的两种蛋白质的基因分别克隆到酵母表达质粒的转录激活因子(如GAL4等)的DNA结合结构域基因，构建成融合表达载体，从表达产物分析两种蛋白质相互作用的系统。同以往研究蛋白质—蛋白质之间相互作用的实验手段相比，双杂交系统具有其独特优势。

技术优势：

1. 融合体蛋白之间的相互作用是在真核酵母细胞内进行，蛋白质有可能保持天然的折叠状态，类似其在体内生理状态下的情况，这是其他离体生化检验方法所缺乏的，因此较之后者，它所证实的蛋白质间相互作用将更接近于在体的真实水平。

2. 双杂交系统的敏感度即高，可以检测到在蛋白质之间结合常数低至 1mmol/L 左右的微弱作用。许多微弱或短暂的蛋白质之间的相互作用可以借助报道基因表达过程中的多级放大效应反映出来；融合蛋白基因在强启动子的作用下，处于较高的表达水平。

3. 在筛选 cDNA 文库时，双杂交系统能够简捷地得到编码相互作用蛋白的基因序列，它只需构建质粒而不必准备抗体或纯化蛋白，省略了其它体外检测蛋白之间相互作用方法所必须的蛋白抽提、纯化等繁琐步骤。

酵母双杂交系统的应用

1、高灵敏度地检测蛋白-蛋白的交互作用；

2、寻找在蛋白-蛋白交互作用中起关键作用的结构域或活性位点；

3、寻找与靶蛋白相互作用的新蛋白；

4、寻找具有药物治疗作用的小分子多肽；

5、寻找调控蛋白质相互作用的化合物；

6、绘制蛋白质相互作用图谱。